بدأت الهيئة العامة للجمارك بالعمل في مشروع المخازن الجمركية الذي يُعتبرُ من أهم المشاريع الحيوية في الفترة الأخيرة، وذلك لتحقيقه أهدافًا اقتصاديةً وأمنيةً متعددةً، كما يخدمُ جميعَ الفئات المرتبطة بالهيئة من مستثمرين وشركات وأفراد، ويعكس الاستخدام الأمثل للتكنولوجيا في عالم الأعمال اليوم.
وقد قامت الهيئة بوضع لائحةً مُوَحَّدةً للمخازن الجمركية، واستكمال البنية التحتية اللازمة في عدد من المواقع الجمركية، وتجهيز المخازن بالمعدات والأجهزة المطلوبة والتي تم توفيرها خصيصًا لإنجاز هذا المشروع.
ويُعتبرُ نظام المخازن الجمركية قيمةً مضافةً حقيقيةً في عمل الهيئة من خلال القدرة على إدارة دورة حياة الأصناف والبضائع بالمنافذ الجمركية المختلفة بشكل آلي، ومراقبة وتتبع جميع الأصناف بالمخازن على مدار الساعة، واستخدام أنظمة الجرد الإلكتروني الشامل والربط مع نظام النديب ونظام أوراكل وجرد أصناف المخازن، ووضع ملصقات التتبع عليها ونظام التنبيهات والرسائل للأطراف المعنية، واستخراج التقارير الهامة والإحصائية بشكلٍ فوريّ.